農作物種質資源是農業育種的物質基礎，種質資源的研究水平不僅關系到資源的利用率、作物育種和農業發展水平，而且還是衡量一個國家在全球“基因大戰”中競爭力的重要標準。農作物種質資源庫作為專門儲存種子的“銀行”，其存在的“價值”不僅是為了保證種子數十年不受破壞，而且還能保持原有的種子活力。不同的農作物種質資源經過收集整理，都可以進入農作物種質資源庫中長期儲藏，后期要進行農作物品種育種的時候，就能夠直接調用庫內的農作物種質資源，方便開展物種研究工作，培養出品質更佳、產量更高的農作物新品種。

        農作物種質資源庫是用于農作物種質資源收集和保存的重要儀器，使用該庫體，一方面可以搶救性的收集各種作物古老的地方品種及其野生近緣植物資源，提高對其優良特性、栽培方式、利用價值、適應范圍等方面的認知水平，發揮地區性種質資源的優勢，另一方面，農作物種質資源庫可以長期穩定安全的保存這些重要的農作物種質資源，使人們可以不用擔心其會受到地域、環境的影響，因此采用農作物種質資源庫不僅有利于農作物種質資源的保護和利用，而且也更有利于促進資源交換，加大種質資源引進力度。
        除上述之外，農作物種質資源庫還能方便人們管理，有利于各地區在開展農作物種質資源收集和保存的過程中，建立農作物種質資源普查數據庫和編目數據庫，完善種質資源數據庫和網上數據查詢平臺，提高種質交換效率和利用價值，為科學育種提供交流與共享平臺，促進農業信息化的發展。