對于新安裝的或者長期未使用的超凈工作臺，使用前必須對超凈工作臺和周圍環境進行清潔工作，再采用藥物滅菌法，或紫外線滅菌法進行滅菌處理。操作區域不允許存放不必要的物品，保持操作區的潔凈氣流流動不受干擾。

        使用儀器時，應提前開機，同時開啟紫外殺菌燈，處理操作區內表面積累的微生物，30分鐘后關閉殺菌燈，啟動風機。工作時關閉殺菌燈，否則會對人體有傷害。工作人員應穿著潔凈的工作服、工作鞋，代號口罩和帽子，以保證工作去潔凈衛生，操作結束后，清理工作臺面，收集各廢棄物，關閉風機及照明開關，用清潔劑及消毒劑擦拭消毒。
        在使用超凈工作臺時，為了能夠保持超凈工作臺的使用效果，工作人員要定期給儀器進行清理和維護：根據環境的潔凈程度需要，可定期將粗濾布拆下清洗或給予更換。定期對環境周圍進行滅菌，同時經常使用紗布沾酒精等有機溶劑將紫外線殺菌燈表面擦拭干凈，保持表面清潔，否則會影響殺菌效果。每隔一段時間（兩個月左右）用風速測量儀器檢測一次工作區域的平均風速，如發現不符合技術標準，應調節調壓器手柄，改變風機的輸出電壓，使工作臺處于較佳狀態，當加大風機電壓已經不能使風速達到0.32m/s時必須更換高效空氣過濾器。