超凈工作臺操作規程主要分為操作前的注意事項、操作超凈工作臺的主要步驟和使用及維護超凈工作臺應注意的問題，下面就這三大部分來分別加以說明。
        1、操作前的注意事項：
        (1)超凈工作區內嚴禁存放不必要的物品，以保持潔凈氣流流型不變。
        (2)對新安裝的或長期未使用的工作臺，使用前必需對工作臺和周圍環鏡先用超靜真空吸塵器或用不產生纖維的工具進行清潔工作，再采用藥物滅菌法或紫外線滅菌法進行滅菌處理。
        (3)操作區的使用溫度不可以超過60℃。
        2、操作超凈工作臺的主要步驟：
        (1)把需要用到的儀器、用具以及菌包、試管等滅菌后放入超凈工作臺內。
        (2)使用工作臺時，應提前30分鐘開機(按電源鍵)，按設定鍵檢查相關參數的設置和設備的工作狀態，按紫外燈鍵開啟紫外殺菌燈，處理操作區內表面積累的微生物。離開超凈工作臺所在的屋子時依次打開緩沖間的紫外燈進行滅菌。滅菌完成后應關閉儀器30分鐘，讓臭氧轉化為氧氣，避免對操作人員身體的刺激。然后按日光燈鍵開啟日光燈，啟動風機。即可進行操作。
        (3)人員帶好一次性口罩、帽子及醫用乳膠手套……
        (4)適當打開超凈工作臺移門。進行需要的操作。整個試驗過程中,實驗人員應按照無菌操作規程操作
        (5)工作完畢后，用75%的酒精擦拭凈化工作臺面，關閉送風機，打開紫外燈滅菌15min，最后關閉電源。
        (6)使用完畢，填寫使用記錄。
        3、使用及維護超凈工作臺應注意的問題：
        (1)整個實驗過程中,實驗人員應按照無菌操作規程操作。
        (2)紫外線對人體的皮膚及視網膜有很強的刺激性，注意人進入緩沖間一級操作是一定要關閉紫外線燈;紫外線的穿透力很弱，普通玻璃就能完全阻截，因此不能在紫外燈外加燈罩。開啟中的氧氣在紫外線的照射下會生成臭氧，臭氧對呼吸黏膜有刺激，應等待一段時間后再進行試驗操作。
        (3)如果設備HEPA出現報警的話，說明設備的空氣的過濾性能出現問題，應及時停止操作，上報設備狀態進行濾材的更換或維修。