棉花種子對發芽條件的要求比較敏感，因此選用專業的智能種子發芽室開展試驗，不僅性能好，可以實現恒溫，變溫，控濕等，而且可以很好的模擬種子發芽的自然環境。因此現在棉花種子的發芽試驗多是在種子發芽室中進行。
        但是在使用智能種子發芽室進行棉花種子發芽試驗的過程中，為了確保棉花種子發芽試驗結果的準確性、可靠性和重復性，除了要嚴格按照GB /T3543.4-1995《農作物種子檢驗規程》中關于發芽試驗的要求操作外，還有幾個需要特別注意的地方。
        1.正確數取試驗樣品
        試驗的棉種樣品必須按GB /T3543.4-1995《農作物種子檢驗規程扦樣》中的要求進行獲得用于試驗的棉種必須干凈、無雜質，這就要求試驗樣品必須從經過充分混合的凈種子中隨機數取。每種子批數取4 個重復，每個重復100 粒，共400 粒。
        2.選用和準備適宜的發芽床
        發芽床是用來安放種子并提供給種子水分的的襯墊物。棉花種子發芽床一般采用砂床法。砂床要求河沙過篩、洗滌、高溫（130 ℃）消毒，砂粒直徑為0.05～0.80 mm，這樣大小的砂粒持水力強，又能保持一定的孔隙，通氣良好?；瘜W藥品處理過的種子發芽后的砂子，不要重復使用。
        3.均勻置床培養
        棉花種子應均勻分布在發芽床上，粒與粒之間應保持其1～5 倍間距，以防發霉種子的相互感染和保持足夠的生長空間。有必要時，棉種可分為50 粒為一重復。 
        以上就是在智能種子發芽室中進行棉花種子試驗應注意的問題，水分、溫度、濕度和光照度等在智能種子發芽室都可以智能控制，因此為棉花種子發芽試驗的開展，提供了重要的環境條件，因此一除了要注意以上的問題外，另外一個重要的部分，就是要學會正確的使用智能種子發芽室。